Pour défendre au mieux les intérêts de ses membres mais aussi dynamiser son fonctionnement sur l’ensemble du territoire congolais, UNICONGO a mis en place un Bureau Directeur « bicéphale » localisé à Brazzaville et à Pointe-Noire. Chaque bureau se compose de :

- 1 Président
- 4 Vice-présidents
- 1 Trésorier

Les adhérents sont tous affiliés à l’une des Fédérations Professionnelles Régionales.

Des organes de décision et de concertation permettent à cette association patronale de mener à bien sa mission (le Comité National, le Comité Régional, les Comités Professionnels, l’Assemblée Générale).